Prata Roque foi advogado de José Sócrates e integrou o seu primeiro Governo, exercendo funções como Adjunto de Ministro. O socialista defendeu também o antigo primeiro-ministro em ações contra jornalistas que cobriam a Operação Marquês. Mais tarde, o ex-advogado de Sócrates voltou ao governo, desta vez, como Secretário de Estado da primeira "geringonça" de António Costa, que apresentou a sua demissão do cargo de primeiro-ministro, após ser alvo de uma investigação sobre negócios de lítio e hidrogénio. Note-se que as motivações políticas de Miguel Prata Roque são agora questionadas por várias vozes, que interpretam a sua queixa-crime contra os deputados do CHEGA como um possível ato de perseguição política, dado o seu histórico e as suas ligações próximas com o PS e os seus ex-governantes.